尖锐湿疣的诊断十分关键，一旦有错诊对病人导致较大的思想损害。尖锐湿疣常需与生殖器官癌、扁平湿疣、假性湿疣、生殖器鲍温样丘疹病及珍珠样丘疹病辨别。
 

　　（1）生殖器官位置癌界限不清，癌有显著的侵润，常产生溃烂，有时候应开展病理学组织学查验。
 

　　（2）扁平湿疣为梅毒二期疹子。扁平湿疣底材宽，无蒂，外型平扁，疣面湿冷、光洁。暗视野显微镜查验可寻找梅毒螺旋体，梅毒感染血清蛋白反映为呈阳性。详见梅毒感染一部分。
 

　　（3）假性湿疣又被称为女士绒毛状阴唇，在女生的阴唇上发生鱼籽状、排序規則的增微生物。
 

　　（4）生殖器官鲍温样丘疹病该病较罕见，关键与人们人乳头病毒16型感柒相关。主要表现为生殖器官位置窦汇区棕红色小丘疹，直徑2～10mm。临床医学上很像尖锐湿疣，但病理学上相近鲍温病的更改。做出这一确诊务必是医生。
 

　　（5）珍珠样丘疹病产生于男士的阴茎龟头，沿龟头冠状沟有排序整齐有序的尺寸一致的珍珠样丘疹。该病发病原因未知，多见于青年人男士。